Ziel des Zentrums für Islamische Theologie ist es, der wachsenden Pluralität religiöser Bekenntnisse in Deutschland Rechnung zu tragen und zur Ausbildung des dringend benötigten wissenschaftlichen Nachwuchses auf dem Gebiet der bekenntnisorientierten Beschäftigung mit dem Islam beizutragen, sowie die Islamische Theologie in Deutschland zu etablieren, wie es der Wissenschaftsrat in seinen „Empfehlungen zur Weiterentwicklung der Theologien und religionsbezogenen Wissenschaften an deutschen Hochschulen“ vom Januar 2010 rät.

Durch die Einrichtungen von Forschungsprofessuren, Nachwuchsgruppen und bekenntnisorientierten Studiengängen vom Bachelor bis hin zum Promotionsprogramm sollen die bisherigen Aktivitäten in der Forschung, Nachwuchsförderung und Lehre auf dem Gebiet der bekenntnisorientierten Beschäftigung mit dem Islam ausgebaut werden, um die wissenschaftlich-rationale Reflexion der Islamischen Theologie zu gewährleisten und zur Konstituierung einer wissenschaftlich fundierten islamischen Theologie im  europäischen Kontext beizutragen.