Die Städte und kleineren Siedlungen liegen im Delta und im Niltal und werden ab 3100 v. Chr. von sesshaft werdenden Nomaden gegründet. Holzpfosten- und Grubenbauten werden gegen massive Bauten aus Lehmziegeln getauscht. Als ein Auslöser für die städtische Entwicklung in Ägypten zählt der Festungsbau, der seine Wurzeln im Vorderen Orient hat. Festungen werden ausgebaut und entwickeln sich zu umwallten Städten, in denen Handel, Kult und Handwerk stattfinden. Spätere Siedlungen, wie die von Pharao Echnaton im Neuen Reich gegründete Stadt Amarna, breiten sich hingegen ohne Stadtmauer ungehindert und offen aus. Während die Elite in großen Gehöften wohnen, lebt die einfache Bevölkerung mit ihrer Familie in kleinen Häusern. Die schachbrettartigen, umwallten Arbeitersiedlungen wie Deir el-Medina werden nur für eine bestimmte Zeit genutzt und bieten Wohnraum für die Handwerker und Künstler, die in den königlichen Nekropolen arbeiten.
Bis heute sind jedoch nur wenige Siedlungen des Alten Ägyptens entdeckt worden, denn die Reste vieler befinden sich wohl noch unter modernen Dörfern und Städten.