Das feuchte Klima in Nordafrika während des sogenannten Neolithischen Subpluvials (etwa 7000-3000 v. Chr.) erlaubte den früheren Menschen die Besiedelung des Niltals mit seinen milden und fruchtbaren Bedingungen. Nicht nur das Niltal, auch die Sahara selbst war zu dieser Zeit von Vegetation geprägt. Erst die Entwicklung hin zu trockenerem Klima und der Wüstenbildung am Ende des Subpluvials führte zu einem sukzessivem Rückzug sowohl der Menschen als auch des Wildviehs in die Randgebiete der Wüste sowie an die Oasen und in das Niltal.
In der Frühzeit und dem Alten Reich waren Teile der Wüste noch Savannen und Trockensteppen, die von einer diversen Fauna geprägt waren, die auch durch Inschriften und Bildquellen belegt sind. Herden von Oryx-Antilopen und Dorkasgazellen, aber auch Raubtiere wie Löwen, Hyänen oder Schakale bevölkerten diese Gebiete. Vögel wie Falken oder Geier belebten den Himmel, andere waren an den Ufern der Gewässer zu finden ebenso wie Nilpferde und Krokodile. Giraffen, Elefanten und Nashörner waren bekannt, zogen sich aber durch den Klimawandel nach und nach in die Sahelzone und den Sudan zurück.
Die Nutzung der Flora war vielseitig: Verschiedene Blumen wie Mohn oder Korblumen fanden sich in den fruchtbaren Gebieten. Diverse Obstsorten wie Äpfel, Granatäpfel und Oliven wurden kultiviert, sowie Getreide und Gemüse angebaut. Es ab kaum Wälder, daher war Holz ein kostbares Material. Zu den einheimischen Bäumen zählten Tamarisken, Sykomoren und Palmen, seltener auch Akazien.
