Heute wurde der Artikel von Ravagnan & Schmid in Frontiers in Bioengineering and Biotechnology veröffentlicht.
Dieser Übersichtsartikel gibt einen Überblick über verschiedene Ansätze zur Genomreduktion in prokaryotischen Mikroorganismen, die keine Modellorganismen sind, und hebt Beispiele für erfolgreich genomreduzierte Modellorganismen hervor. Herzlichen Glückwunsch an Giulia Ravagnan für die hervorragende Arbeit und ihre dritte Veröffentlichung.
 

Heute wurde der Artikel von Zander et al. in  MDPI in Microorganisms veröffentlicht.
Dieser Forschungsartikel zeigt die Umsetzung der Sporen-Display-Methode in Paenibacillus polymyxa und erforscht eine neue Strategie zur Aufreinigung von Enzymen mit einer TEV-Spaltstelle zwischen dem Anker und dem Zielprotein. Herzlichen Glückwunsch an Maximilian Zander für die hervorragende Arbeit und seine erste Veröffentlichung.
 

Heute wurde der Artikel von Schilling et al. in New Biotechnology veröffentlicht.
Das Manuskript beschreibt eine umfassende rheologische Analyse der Exopolysaccharide (EPS) von zwei Kozakia baliensis-Stämmen in ausgewählten Tensiden, die üblicherweise in Körperpflegeprodukten verwendet werden. Das native, nicht dekorierte EPS aus K. baliensis LMG 27018 zeigte im Vergleich zu einer gentechnisch veränderten Xanthan-Variante ohne Dekoration ein signifikantes Potenzial als salzunabhängiger rheologischer Modifikator. Dies macht das GMO-freie EPS von K. baliensis sehr attraktiv für Lebensmittel und Kosmetika und erweitert das Portfolio an biobasierten rheologischen Modifikatoren weiter. Herzlichen Glückwunsch an Julia Schilling für ihre hervorragende Arbeit.

Heute wurde der Artikel von Ravagnan et al. in Frontiers in bioengineering and biotechnology veröffentlicht.  
Das Manuskript beschreibt die erste vollständige Genomsequenz in Paenibacillus polymyxa DSM 365, in der wir eine neue nicht-ribosomale Peptidsynthase (NRPS) identifiziert haben, die zur Produktion des interessanten antimikrobiellen Peptids Tridecaptin beitragen könnte. Darüber hinaus haben wir zum ersten Mal zwei genomreduzierte P. polymyxa-Stämme mit einem um 3,0 % und 0,6 % verringerten nativen Genom konstruiert, die ein großes Potenzial für weitere gentechnische Veränderungen aufweisen. Herzlichen Glückwunsch an Giulia Ravagnan für ihre hervorragende Arbeit und ihre erste Veröffentlichung. Besonderen Dank auch für die gute Zusammenarbeit mit Prof. Dr. Johannes Kabisch, Prof. Dr.-Ing. Stephan Noack und Prof. Dr. Rolf Daniel.
 

Heute wurde der Artikel von Meliawati et al. in Microbial Biotechnology veröffentlicht.
Zum ersten Mal haben wir einen heterologen Stoffwechselweg in Paenibacillus polymyxa implementiert, der auf die Produktion von Isobutanol abzielt. Wir integrierten rationales Metabolic Engineering mit Proteomics-Analysen und In-vitro-Assays, um den Stoffwechsel besser zu verstehen und zu optimieren. Auf diese Weise konnten wir diese synthetische Verbindung zum ersten Mal in P. polymyxa in bereits hohen Mengen produzieren und metabolische Engpässe identifizieren. Herzlichen Glückwunsch an Meliawati für ihre herausragende Arbeit und vielen Dank für die gute Zusammenarbeit mit Dr. Daniel Volke und Prof. Dr. Ivan Nikel.

26 September 2023

Heute wurde der Artikel von Wünsche et al. im International Journal of Biological Macromolecules veröffentlicht.
Dieser Artikel beschreibt die detaillierte Chrakterisiserung verschiedener Kozakia baliensis Stämme und die von ihnen gebildeten Exopolysaccharide. Aufgrund der Ähnlichkeit der Grundstruktur zum Xanthan (unterschiedliche Seitenketten, und keine Substituenten) haben wir die Exopolysaccharide mit einer gentechnisch modifizierten Xanthan Variante verglichen. Besonders spannend dabei ist, dass die gebildeten Exopolysaccharide sich in Ihrer chemischen Struktur unterscheiden, und wir diese strukturellen Unterschiede mit dem rheologischen Verhalten in Einklang bringen konnten. Ein weiterer Schritt zum systematischen Verständnis der Struktur-Funktionsbeziehung von Polysacchariden.
Gratulation an Julia Wünsche für die herausragende geleistete Arbeit und Ihre zweite Veröffentlichung. 

29 Juli 2023

Heute wurde der Artikel von Schillinget al. im Journal Carbohydrate Polymers veröffentlicht.
Diese Publikation beschreibt die rheologischen Eigenschaften der durch uns erstmals in Reinform hergestellten 3 unterschiedlichen Exopolysaccharide (Paen I, II und III). Dabei stehen vor allem die Interaktionen der einzelnen Polymere im Mittelpunkt. Mit dieser Arbeit haben wir gezeigt wie man synthetische Biologie nutzen kann, um Struktur-Funktionsbeziehungen im Bereich der Rheologie aufzuklären. Gratulation an Christoph Schilling für die herausragende geleistete Arbeit und der somit dritten Publikation zum Thea der Paenan Exopolysaccharide. 

30 März 2023

Heute wurde der Artikel von Wünsche et al. im Journal Frontiers in Bioengineering and Biotechnology veröffentlicht.
Dieser Review Artikel gibt eine Übersicht über die verschiedenen Exopolysaccharide welche von Essigsäurebakterien gebildet werden, und wurde im Special Issue zum International Symposium on Biopolymers veröffentlich auf welchem Julia auch einen Votrag gehalten hat. Mit dieser Arbeit haben wir die aktuelle Forschung in diesem Feld zusammengefasst und vermitteln somit den aktuellen Stand auf diesem Gebiet. Gratulation an Julia Wünsche für die herausragende geleistete Arbeit und Ihre erste Veröffentlichung. 

17 März 2023

Heute wurde der Artikel von Schilling et al. im Journal Carbohydrate Polymers veröffentlicht.
Dieses Manuskript zeigt wie erfolgreich unser CRISPR-Cas tool für Paenibacillus polymyxa zur Strukturaufklärung von unbekannten und hochkomplexen mikrobiellen Polysacchariden genutzt werden kann. Mit dieser Arbeit haben wir zum ersten Mal gezeigt dass P. polymyxa in der Lage ist drei verschiedene Heteropolysaccharide zu produzieren, wobei bisher davon ausgegangen wurde dass es sich dabei nur um ein Polysaccharid handelt. Dies war nur durch die hervorragende  Kooperation mit Prof. Finn Lillelund Aachmann von der NTNU in Tondheim möglich.
Diese ist ein weiterer Schritt zu einem besseren Verständnis der Polysaccharidbiosynthese in Paenibacillus polymyxa. Gratulation an Christoph Schilling und Leesa Klau für die herausragende geleistete Arbeit. 

WWU-iGEM Team 2022

Gratulation!

Am 12.10.2022 um 18 Uhr war Wiki Freeze und das Team hat erfolgreich alles hochgeladen und eingereicht. Nun steht noch die finale Präsentation auf dem Grand Jamboree in Paris aus. Wir drücken die Daumen für eine erfolgreiche Begutachtung unseres Projekts MonChassis. Der Link zum wirklich hervorragenden Wiki ist hier.

06.09.2022

Heute wurde das Kapitel Hyaluronic Acid (Hyaluronan) in dem von Bernd Rehm und David Wibowo editiertem Buch "Microbial Production of High-Value Products" veröffentlich. In diesem Kapitel beschreiben wir die Eigenschaften und Anwendungen von Hyaluronsäure. Zudem zeigen wir die verschiedenen Herstellunsgmethoden dieses sehr wertvollen Polysaccharids auf, und vergleichen die klassiche Gewinnung aus tierischen Quellen mit der mikrobiologischen Herstellung. Gratulation an Meliawati Meliawati und Moritz Gansbiller für die hervorragende Recherche und Arbeit welche in diesem Buchkapitel steckt.

19 Mai 2022

Heute wurde der Artikel von Meliawati et al. im Journal Applied and Environmental Microbiology veröffentlicht.
In diesem Manuskript haben wir erneut unser bestehendes CRISPR-Cas tool für Paenibacillus polymyxa weiterentwickelt. Mit dieser Weiterentwicklung lassen sich nun gezielt Punktmutationen in spezifische Zielgene einführen. Anhand dieser Punktmutationen haben wir erstmals die komplexe Regulation durch DegS, DegU und Spo0A untersucht, indem wir die Mutanten auf Schwarmverhalten, Sporulation und Exopolysaccharidproduktion sowie die Expression hyfrolysierender Enzyme analysiert haben. Dies ist ein erster Schritt zu einem besseren Verständnis der Gesamtregulation in Paenibacillus polymyxa. Gratulation an Meliawati Meliawati für die herausragende geleistete Arbeit. 


 

16 Dezember 2021

Manuskript veröffentlicht: "CRISPR-Cas9-mediated Large Cluster Deletion and Multiplex Genome Editing in Paenibacillus polymyxa"

Heute wurde der Artikel von Meliawati et al. in ACS Synthetic Biology veröffentlicht. In diesem Manuskript haben wir unser bestehendes CRISPR-Cas tool für P. polymyxa weiterentwickelt. Mit dieser Weiterentwicklung lassen sich nun ganze Gencluster mittels nur einer gRNA deletieren, und wir konnten erstmals eine Systematik in den dafür notwendigen Auswahlkriterien für die Lokalisation der gRNA aufzeigen. Darüberhinaus erlaubt dieses System nun multiple Gen knock-outs, Gen-replacements, sowie die multiple Deletion von ganzen Genclustern und das simultane replacement von Genclustern mit Reportetgenen mit einer beindruckenden Effizienz. Somit eröffen sich gänzlich neue Möglichkeiten für das Genome Editing in P. polymyxa. Gratulation an Meliawati Meliawati für die herausragende geleistete Arbeit. 

2 Dezember 2021

Manuskript veröffentlicht: "Structural elucidation of the fucose containing polysaccharide of Paenibacillus polymyxa DSM 365"

Heute wurde der Artikel von Schilling et al. in Carbohydrate Polymers veröffentlicht. In diesem Manuskript haben wir die chemische Struktur eines der Polysaccharide von P. polymyxa mittels CRISPR-Cas9 basierten Gen Knock-outs identifiziert. Hier zeigt sich wie gut sich die Synthetische Biologie mit der Strukturanalyse von Polysachariden verbinden lässt, und wie das in-vivo biopolymer engineering auf unterschiedliche Weise genutzt werden kann. Gratulation an Christoph Schilling für die tolle geleistete Arbeit. 

17 September 2021

Gemeinsame Fachgruppe Synthetische Biologie

Die Synthetische Biologie umfasst verschiedene Disziplinen der Natur- und Lebenswissenschaften und beinhaltet das Design biologischer Netzwerke, Systeme oder gar ganzer Zellen, die so nicht in der Natur vorkommen.

Im Januar 2020 vereinbarten die DECHEMA und die Gesellschaft für Biochemie und Molekularbiologie (GBM) e.V., die Aktivitäten der DECHEMA-Fachgruppe Systembiologie und Synthetische Biologie und der GBM-Studiengruppe Synthetische Biologie in der Gemeinsamen Fachgruppe Synthetische Biologie zusammenzuführen. Im Februar 2021 trat die Gesellschaft Deutscher Chemiker GDCh e.V. der Vereinbarung bei, im Juni 2021 kam die Deutsche Botanische Gesellschaft DBG hinzu.

Während der German Conference on Synthetic Biology 2021 wählte die erste Mitgliederversammlung der Gemeinsamen Fachgruppe Synthetische Biologie am 17. September ihren Beirat für die nächsten drei Jahre.

2 September 2021

Manuskript veröffentlicht: "Exploiting unconventional prokaryotic hosts for industrial biotechnology"

Heute wurde der Meinungsartikel von Prof. Schmid und Kollegen in Trends in Biotechnology angenommen. In diesem Manuskript wird das Potenzial unkonventioneller Wirte dargestellt und mit etablierten prokaryotischen Modellorganismen verglichen. Einer davon ist Paenibacillus polymyxa, unter anderem das Hauptarbeitspferd der AG Schmid mit einem sehr hohen Potential für biotechnologische Anwendungen. In diesem Meinungsartikel werden wesentliche Faktoren wie multifaktorielle Eigenschaften wie Toleranz, Wachstumseffizienz oder Handhabung hervorgehoben, die nicht immer in bestehende Modellorganismen eingebracht werden können. Wir wünschen Ihnen viel Spaß mit dem Artikel und freuen uns auf das Feedback der wissenschaftlichen Gemeinschaft.