Das Institutum Judaicum Delitzschianum (IJD) ist ein Institut der Evangelisch-Theologischen Fakultät der WWU mit Forschungsschwerpunkten im antiken Judentum und in christlich-jüdischen Beziehungen. 1948 wurde es in Münster wiederbegründet und geht zurück auf das 1886 von Franz Delitzsch in Leipzig gegründete Institut.

Das Institut für Jüdische Studien wurde 2015 am Fachbereich Philologie eingerichtet. Die zwei am Institut beheimateten Professuren sowie mehrere wissenschaftliche Mitarbeiter*innen bieten ein breites Spektrum an Themen und Zugängen an. Seit dem Wintersemester 2018/19 bietet das Institut für Jüdische Studien den BA-Studiengang "Jüdische Studien" an. Die Schwerpunkte des Instituts für Jüdische Studien liegen sowohl in der Lehre als auch in der Forschung in der Kulturgeschichte des Judentums von der Spätantike bis zur Gegenwart.

Die Arbeitsstelle Forschungstransfer (AFO) der WWU Münster war, als sie 1985 eingerichtet wurde, eine der ersten ihrer Art in Deutschland. Zunächst gegründet, um die Forschung der WWU auf Messen zu präsentieren, differenzierten sich ihre Aufgaben sehr schnell aus.
Heute fördert die AFO Spin-off-Gründungen, berät bei Patentierung und Lizensierung und transferiert Forschung in die Gesellschaft und Wirtschaft. Eine ihrer Hauptaufgaben ist es dabei regionale aber auch internationale Kooperationen und Netzwerke im Bereich des Wissenstransfers in die Gesellschaft und Wirtschaft aufzubauen. Die AFO besteht aus einem Team mit breiter fachlicher Expertise, das im Laufe von dreißig Jahren Mitglieder aus 25 Nationen hatte.

Das Centrum für Geschichte und Kultur des östlichen Mittelmeerraums (GKM) ist ein Forschungs- und Lehrnetzwerk der altertumswissenschaftlichen Institute und Seminare an der Universität Münster und erstreckt sich über vier Fakultäten.

Das Centrum für Religion und Moderne (CRM) ist ein interdisziplinärer Forschungsverbund der Westfälischen Wilhelms-Universität (WWU) Münster. Es widmet sich der Erforschung von Religionen, religiösen Gemeinschaften und Akteuren und ihren sich wandelnden Rollen in modernen Gesellschaften. Das CRM fördert die Zusammenarbeit seiner Mitglieder mit Universitäten und Forschungseinrichtungen im In- und Ausland und pflegt den Dialog mit der Öffentlichkeit.

Das Centrum für religionsbezogene Studien (CRS) ist eine wissenschaftliche Einrichtung der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster für allgemeine religionsbezogene und religionswissenschaftliche Forschung und Lehre. Es setzt sich insbesondere mit interreligiösen, interkulturellen sowie interdisziplinären religionsbezogenen Fragestellungen und Forschungsperspektiven auseinander, vor allem in den Bereichen Islam, orthodoxes Christentum, Judentum, Hinduismus und Buddhismus.

Die Expedition Münsterland macht einzigartige Wissenschafts-Schauplätze im Münsterland erlebbar und lässt universitäre Forschung in der Region sichtbar werden. Das Projekt versteht sich als eine Form des Wissenstransfers der WWU für und mit der Region anhand wissenschaftlicher Themen.
Die Expedition Münsterland stößt zivilgesellschaftliche Prozesse an und gedenkt besonders auch historischer Ereignisse in der Region. Zudem versucht sie Verständigunsgskulturen zu schaffen.

Der Exzellenzcluster "Religion und Politik. Dynamiken von Tradition und Innovation" der Universität Münster untersucht seit 2007 das komplexe Verhältnis von Religion und Politik quer durch die Epochen und Kulturen. In der Förderphase von 2019 bis 2025 analysieren die 140 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus 20 geistes- und sozialwissenschaftlichen Fächern und 10 Ländern in epochenübergreifenden Untersuchungen von der Antike bis heute besonders Faktoren, die Religion zum Motor politischen und gesellschaftlichen Wandels machen. Der Forschungsverbund ist der bundesweit größte dieser Art und unter den Exzellenzclustern in Deutschland einer der ältesten und der einzige zum Thema Religion.

Das Institut für vergleichende Städtegeschichte (IStG) entstand 1970 als wissenschaftliche Forschungseinrichtung des im Jahr zuvor gegründeten Kuratoriums für vergleichende Städtegeschichte e.V. mit dem Auftrag, interdisziplinäre Forschungen (Geschichte, Rechtsgeschichte, Volkskunde, Kunstgeschichte, Literaturwissenschaft, Ethnologie und Soziologie, Geographie und Kartographie) zur Städtegeschichte zu fördern. Seit 1987 besitzt es den Status eines An-Instituts der Westfälischen Wilhelms-Universität. Aufgabe ist es, der internationalen vergleichenden Städteforschung einen institutionellen Rahmen zu geben.
Das Institut für vergleichende Städtegeschichte erarbeitet u.a. in Kooperation mit der Historischen Kommission für Westfalen das "Historische Handbuch der jüdischen Gemeinschaften in Westfalen und Lippe".

"Filme Selber Machen Lernen" ist das Motto des FilmLABs (ehemals Servicepunkt Film) der WWU IT. Die Kernaufgabe des FilmLABs ist die handlungsorientierte Vermittlung von Medienkompetenz in allen Bereichen der Videoproduktion. Den Schwerpunkt bilden dabei Handlungsmuster und individuelle Hilfestellungen bei der Erstellung von universitären Filmprojekten in der Wissenschaftskommunikation, Forschungs- und Projektdokumentation und bei Außendarstellungsanliegen.

Das "Studium im Alter" ist ein wissenschaftliches Weiterbildungsangebot für wissbegierige Personen im mittleren und höheren Erwachsenenalter. Unabhängig von ihrem Schulabschluss besuchen die älteren Studierenden als Gasthörer*innen universitäre Lehrveranstaltungen, ohne einen Abschluss anzustreben. Einige der gut 2.000 älteren Studierenden aus Münster und Umgebung führen zudem als Citizen Scientists wissenschaftliche Forschungsprojekte durch bzw. arbeiten daran mit.

Das Universitätsarchiv ist die zentrale Anlaufstelle für alle Fragen zur Geschichte der Universität. Es verwahrt die bei den Einrichtungen der Universität entstandenen Akten und sonstigen archivwürdigen Unterlagen und macht sie für die Benutzung – insbesondere für die historische Forschung – zugänglich. Ergänzend sammelt das Archiv Druckschriften, Plakate, Bild- und Tondokumente sowie Nachlässe von Professor*innen und unterhält eine Bibliothek zur Universitätsgeschichte.

Die Zentrale Kustodie ist eine zentrale Betriebseinheit [de]der Universität Münster. Sie wurde im Jahr 2015 vom Rektorat ins Leben gerufen, mit dem Ziel die wissenschaftlichen Universitätssammlungen der WWU in übergreifenden Belangen zu unterstützen. Im Juli 2017 wurde das WWU-Kulturbüro der Zentralen Kustodie eingegliedert. Außerdem betreut die Zentrale Kustodie den Kunstbesitz der Universität. Damit ist die Kustodie der zentrale Ort der Kulturpflege an der Universität.

Über mehrere Jahre wurde am Seminar für Exegese des Alten Testaments der Katholisch-Theologischen Fakultät in Kooperation mit der Jüdischen Gemeinde Münster eine digitale Dokumentation des Jüdischen Friedhofs an der Einsteinstr. erstellt. 2015 wurde die Seite unter www.juedischer-friedhof-muenster.de freigeschaltet. Im November 2017 wurde im Gemeindesaal der Jüdischen Gemeinde Münster der „Verein zur Förderung des Jüdischen Friedhofs an der Einsteinstr. Münster e.V.“ gegründet. Zweck des Vereins ist die kulturelle, wissenschaftliche, instandhaltende und denkmalpflegerische Förderung des alten Jüdischen Friedhofs an der Einsteinstraße in Münster. Insbesondere durch die Pflege dieser Internet-domain mit ihrer wissenschaftlichen Dokumentation dieses Friedhofs soll dieser Zweck verfolgt werden. Im Vorstand des Vereins sind Prof.'in Dr. Marie-Theres Wacker und Dipl.-Theol. Ludger Hiepel M.A.