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„Paper of the Month“ September 2019 geht an Dr. Niehaus, Dr. Soltwisch und Prof. Dreisewerd aus dem Institut für Hygiene

Für den Monat September 2019 wurde Dr. Niehaus, Dr. Soltwisch und Prof. Dreisewerd aus dem Institut für Hygiene für die Publikation Transmission-mode MALDI-2 mass spectrometry imaging of cells and tissues at subcellular resolution in der Zeitschrift Nature Methods, 16(9).2019, 925-31  [Volltext], ausgezeichnet.

Zellen sind die Grundbausteine des Lebens. Mit Hilfe von massenspektrometrischen (MS) Verfahren wie der in Münster entwickelten laser-basierten MALDI-MS kann die chemische Zusammensetzung von Zellen und Geweben bestimmt werden. Allerdings reichte bislang die Ortsauflösung und Sensitivität der bildgebenden MALDI-MS nicht aus, um eine echte zelluläre bis subzelluläre Darstellung bei gleichzeitig hoher chemischer Informationstiefe zu erzielen.

MALDI steht für Matrix-unterstütze Laserdesorption/Ionisation. Das Besondere an der von den Forschern entwickelten t-MALDI-2 („t“ für Transmissionsmodus) ist der Einsatz zweier speziell adaptierter Laser, von denen der erste einen besonders kleinen Fokus zum Materialabtrag von nur rund einem tausendstel Millimeter erzeugt, während der zweite die notwendige Signalsteigerung für viele Biomoleküle um bis zu mehreren Größenordnungen bringt – also zum Beispiel für fettlösliche Vitamine wie Vitamin D, Cholesterin oder auch verabreichten Medikamenten.

Die Wissenschaftler demonstrieren die Möglichkeiten ihrer Methode anhand der Darstellung der molekularen Feinstrukturen im Aufbau des Kleinhirns der Maus bei einer Pixelgröße von nur 600 nm und mittels gezüchteter Kulturen von Nierenzellen.

Künftig ist u.a. eine Kopplung der t-MALDI-2-MSI mit etablierten optischen Verfahren wie der Fluoreszenzmikroskopie geplant. Weil die MALDI eine markierungsfreie Technik ist, die bis zu Hunderten verschiedene Biomoleküle simultan detektiert, entstehen so neuartige analytische Werkzeuge für zellbiologische und biomedizinische Fragestellungen.

Eine Liste aller bisherigen Gewinner der Paper of the Month – Auszeichnung finden Sie hier.

Der Paper of the Month – Aufsteller in der Zweigbibliothek Medizin bietet den Besuchern die Lektüre der Studie vor Ort an.

Foto: MFM/Christian Albiker

Open-Access-Woche 2019, 21.-27. Oktober in der ULB

An der jährlichen internationalen Open-Access-Woche nahm die Universitäts- und Landesbibliothek (ULB) zum ersten Mal vor 10 Jahren teil.

Während der diesjährigen OA-Woche vom 21. bis zum 27. Oktober werden neben einem Informationsstand im Foyer der Zentralbibliothek weitere Veranstaltungen in der Galerie angeboten, wo unterschiedliche Themen rund um Open Access und Open Science präsentiert werden. Beispielsweise wird in Kurzvorträgen über die aktuellen Entwicklungen in Bereichen Forschungsdatenmanagement an der WWU, ORCID oder Predatory Publishing informiert. Für interessierte Nutzer*innen wird es einen anmeldepflichtigen Rundgang durch unsere Digitalisierungswerkstätten geben. Die Kurzvorträge sind anmeldefrei.

Die einzelnen Veranstaltungen der Open-Access-Woche 2019 finden Sie hier.

In diesem Jahr feiern die ULB auch das 10-jährige Bestehen der Schriftenreihe Wissenschaftliche Schriften der WWU. Darob findet eine Verlosung statt, die sich an die Promovend*innen der WWU Münster richtet.

 

Grafik © ULB

„Paper of the Month“ August 2019 geht Dr. Jonathan Repple und Greta Karliczek aus der Translationalen Psychiatrie

Für den Monat August 2019 wurde Dr. Jonathan Repple und Greta Karliczek aus dem Institut für Translationale Psychiatrie für die Publikation:: Variation of HbA1c affects cognition and white matter microstructure in healthy, young adults in der Zeitschrift Molecular Psychiatry, published online 29 Aug 2019 [Volltext], ausgezeichnet.

Der Serummarker HbA1c ist in Patienten mit Diabetes mellitus mit der weißen Substanz und der kognitiven Leistung assoziiert. Ob dieser Marker auch bei jungen Nichtdiabetikern mit Hirnstruktur und Funktion assoziiert ist, ist bisher unklar.

HbA1c-Level (Spanne 4,1 – 6,3 %) waren signifikant negativ assoziiert mit kognitiven Maßen. Höhere HBa1c Level korrelierten negativ mit Fraktioneller Anisotropie (FA), einem Wert der mittels Diffusions-Tensor-Bildgebung bestimmt wird und die Mikrostruktur der weißen Hirnsubstanz wiederspiegelt. Diese Ergebnisse wurden kontrolliert für Alter, Geschlecht, BMI, Ethnie und Maß an Bildung. FA in vielen Trakten der weißen Substanz war wiederum positiv mit den kognitiven Testmaßen assoziiert. Ähnliche Ergebnisse zeigten sich in Analysen von Patienten mit einem HbA1c unter 5,7 %.

Die Ergebnisse betonen den schädlichen Einfluss von metabolischen Risikofaktoren auf Gehirnstruktur und -funktion. Mehr präventive Maßnahmen scheinen notwendig und sollten eventuell auch schon bei Menschen mit einem HbA1c-Wert unter bisherigen Schwellenwerten in Betracht gezogen werden.

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Foto: MFM/Christian Albiker

Studie zu Open-Access-Aktivitäten der Medizinischen Fakultät publiziert

Wie das Blog medinfo heute mitteilte, ist die Studie zu den Open-Access-Aktivitäten der Medizinischen Fakultät nun publiziert worden: Forscher inmitten von Open Access und DEAL-Verhandlungen. Teil 1: Open-Access-Aktivitäten. Die Studie wurde bei der Open Access-Zeitschrift Medizin-Bibliothek-Information veröffentlicht, Autor ist Dr. Oliver Obst, der Leiter der ZB Med.

Zusammenfassung
Ziel: In dieser Studie sollte zum einen untersucht werden, inwieweit die Wissenschaftler der medizinischen Fakultät der Universität Münster Open Access publizieren, und ob sie über die Open-Access-Aktivitäten der Universitäts- und Landesbibliothek (ULB) Bescheid wissen (Teil 1). Zum andern sollte ihr Wissen und ihre Meinung über die DEAL-Verhandlungen die Wege der Ersatzbeschaffung von nicht zugänglichen Zeitschriften-Artikeln abgefragt werden (Teil 2).
Methode: Online-Umfrage mittels Surveymonkey unter allen Wissenschaftler der medizinischen Fakultät via eines Email-Verteilers des Dekanats. Der Fragebogen bestand aus 14 Fragen, für Teil 1 wurden die ersten 7 Fragen ausgewertet.
Ergebnisse: 384 Fragebögen konnten ausgewertet werden. 63% hatten bereits mindestens einmal Open Access publiziert. 61% wussten über den Publikationsfonds der ULB vor der Umfrage Bescheid, 38% wurden durch Kollegen auf ihn aufmerksam gemacht und 35% durch Aktivitäten der Bibliothek (Mehrfachnennungen). 21% aller Antwortenden hatten bereits einmal einen Antrag beim Fonds gestellt; von denen, die von ihm wussten, waren dies mit 35% deutlich mehr. Hauptsächliche Finanzierungsquelle für Open-Access-Publikationen waren jedoch eigene Fördermittel (57%) oder solche der Institution (44%). Hauptausschlaggebend für die Publikation in einer Open-Access-Zeitschrift war deren Impact Faktor (84%), gefolgt von ihrem guten Ruf (62%).
Fazit: Etwa zwei Drittel der Wissenschaftler der medizinischen Fakultät der Universität Münster wussten gut Bescheid über die Bewertung von Open-Access-Zeitschriften, nutzten die Möglichkeit dort zu publizieren, kannten Fördermöglichkeiten und hatten offensichtlich keine Probleme, die Article Processing Charges (APC) zu bezahlen. Dabei stellte sich ein deutlicher Unterschied zwischen Senior und Junior Scientists heraus: Ältere, etablierte Wissenschaftler waren nicht so sehr auf Impact-starke, karrierefördernde Journals angewiesen; sie konnten es sich leisten, in kleineren, unbekannten Zeitschriften zu publizieren; sie hatten mehr Open-Access-Erfahrungen als die Nachwuchsforscher und wussten besser Bescheid über die Fördertöpfe in der Bibliothek.

Die Studie ist frei zugänglich unter https://www.egms.de/static/en/journals/mbi/2019-19/mbi000441.shtml.

Fotonachweis: andreykr at fotolia.com

„Paper of the Month“ Juli 2019 geht an Dr. Mirjam Gerwing aus der AG Wildgruber (Klinische Radiologie)

Für den Monat Juli 2019 wurde Dr. Mirjam Gerwing aus der AG Wildgruber (Institut für Klinische Radiologie) für die Publikation: The beginning of the end for conventional RECIST – novel therapies require novel imaging approaches in der Zeitschrift Nature Reviews Clinical Oncology, 16(7).2019, p. 442-58 [Volltext] ausgezeichnet.

Verbesserte Kenntnisse in der Tumorbiologie führen zu der Entwicklung neuer zielgerichteter Therapeutika. Die Selektion von geeigneten Patienten wird jedoch zunehmend schwieriger. Da historisch die Größe der Läsionen zur Therapieevaluation verwendet wurde, welche bei diesen Therapien oft nicht primär beeinflusst wird, werden Therapien unter Umständen voreilig beendet.

Es wurde die Problematik, dass das weitverbreitete RECIST eine inadäquate Methode ist, um das Therapieansprechen von zielgerichteten Therapeutika zu untersuchen, detailliert aufgearbeitet. Bei Verwendung der Tumorgröße als wegweisendes Kriterium bleibt die Tumorbiologie unberücksichtigt. Das ist problematisch, da es aufgrund einer Infiltration von Immunzellen, einer Ödembildung oder Hämorrhagie zu einer initialen Vergrößerung der Läsionen, dem sogenannten Pseudoprogress, kommen kann. Es gibt bereits zahlreiche Ansätze dieses Problem zu lösen, ein Großteil ist jedoch bislang nur in der präklinischen Forschung oder an einzelnen Probanden untersucht worden. Eine computergestützte Aufarbeitung der bereits aktuell in der Klinik akquirierten Bilder könnte daher die Lösung sein.

Die meisten Studien nutzen noch immer RECIST zur Evaluation des Therapieansprechens, was in Anbetracht der geschilderten Problematik erneut hinterfragt werden sollte. Klar ist jedoch, dass die Radiologie der klinischen Onkologie eine bessere Einschätzung des Therapieansprechens ermöglichen muss, wozu der Artikel hoffentlich künftig beiträgt.

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medRxiv – Das neue Preprintarchiv für die Medizin

Nach dem bekannten Preprintserver arXiv für die Physik hatte das Cold Spring Harbor Laboratory 2013 das Preprintarchiv BioRxiv für die Biologie gegründet. Preprintarchive fördern die schnelle Verbreitung von Forschungsergebnissen ohne Peer-Review. In der (Hochenergie)Physik ist diese Art der (Vor)Publikation schon seit einer ganzen Weile Mainstream, und auch der biologische Ableger wurde ein Erfolg.

Seit Anfang Juni diesen Jahres hat das Labor nun ein Preprintarchiv für die Medizin aus der Taufe gehoben. medRxiv soll ein Sammelbecken für klinische Studien werden, die nicht von BioRxiv abgedeckt wurden. Nature berichtete und nannte auch die Bedenken:

BioRxiv’s success prompted some clinical scientists to push for such a site because the biology repository accepts preprints in only certain fields of medical science. But some researchers are concerned that releasing unvetted clinical research could be risky, if patients or doctors act on what could end up being inaccurate information. The organizations behind the new server, named medRxiv, have been working on the project since 2017 and say they have built in safeguards to address those concerns. They will require authors to provide details of ethical approvals for their studies and consent from patients, and to disclose all funding sources. Preprints will be screened by an external clinical scientist and an experienced clinical editor supported by the developing organizations — Cold Spring Harbour Laboratory in New York, the publisher BMJ in London and Yale University in New Haven, Connecticut.

Eine Publikation in einem Preprintarchiv verhindert in der Regel keine (Zweit)Publikation in einem peer-review-Journal. Die Ingelfinger Rule greift hier nicht.

„Paper of the Month“ Juni 2019 geht an Dr. Marcel Trautmann aus dem Gerhard-Domagk-Institut für Pathologie

Für den Monat Juni 2019 wurden Dr. Marcel Trautmann aus dem Gerhard-Domagk-Institut für Pathologie, Sektion für Translationale Pathologie für die Publikation: Requirement for YAP1 signaling in myxoid liposarcoma in der Zeitschrift EMBO Molecular Medicine, 11(5).2019, p. e9889 [Volltext] ausgezeichnet.

Das myxoide Liposarkom (MLS) ist eine aggressive mesenchymale Krebserkrankung lipogener Differenzierung. Molekular zielgerichtete Therapien stehen nicht zur Verfügung. Die Mehrzahl von MLS exprimiert das Fused in Sarcoma: DNA Damage-Inducible Transcript 3 (FUS DDIT3) Fusionsprotein, welches als aberranter Transkriptionsfaktor fungiert. Die Mechanismen, durch die FUS DDIT3 die Tumorgenese von MLS treibt, sind bisher nur unvollständig verstanden.

Mittels eines genomischen RNAi-Screen konnte YAP1 in FUS-DDIT3 exprimierenden mesenchymalen Stammzellen als essentieller Effektor identifiziert werden. Immunhistochemische Analysen zeigten in MLS im Vergleich zu anderen Liposarkomtypen eine signifikant gesteigerte nukleäre YAP1 Expression. Suppression von YAP1 in MLS Zellen führte zu einer Reduktion der Zellviabilität, Zellzyklusarrest, zellulärer Seneszenz und Apoptose. Das chimäre FUS-DDIT3 Fusionsprotein stimulierte die Expression, die nukleäre Lokalisation und die transkriptionelle Aktivität von YAP1. In einem MLS Xenotransplantatmodell konnte die wachstumshemmende und pro-apoptotische Wirkung in vivo bestätigt werden.

Die detektierte YAP1 Abhängigkeit stellt Grundlage für einen rationalen Therapieansatz dar, um selektiv FUS-DDIT3 exprimierende MLS Zellen zu inhibieren. Als potentieller Biomarker kann die nukleäre Expression von YAP1 helfen, Patienten zu identifizieren, die in zukünftigen klinischen Studien von einer YAP1-gerichteten Therapie profitieren können.

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„Paper of the Month“ Mai 2019 geht an Dr. Begemann und Dr. Galic aus dem Institut für Medizinische Physik und Biophysik

Für den Monat Mai 2019 wurden Dr. Begemann und Dr. Galic aus dem Institut für Medizinische Physik und Biophysik  für die Publikation: Mechano-chemical self-organization determines search pattern in migratory cells in der Zeitschrift Nature Physics, online 06 May 2019 [Volltext] ausgezeichnet.

Bewegung ist die Grundvoraussetzung für viele zelluläre Funktionen. Um sich fortzubewegen verwenden adhärente Zellen das Lamellipodium, eine zelluläre Struktur, welche fortlaufend auswächst und sich zurückzieht. Trotz ihrer zentralen Rolle ist zur Zeit unklar, wie die Lebensdauer dieser dynamischen Struktur bestimmt wird.

Die Studie beschreibt einen molekularen Mechanismus der langlebige Lamellipodien und somit eine gerichtete Bewegung von Zellen ermöglicht. Da die hierfür notwendige Signalkaskade sich selbst organisiert, entstehen spontan komplexe Bewegungsmuster, welche von Zellen zur Suche verwendet werden, wenn äußere Stimuli fehlen.

Die Ergebnisse erweitern das Verständnis, wie Zellen ihre Bewegung steuern. Dieses Wissen bietet innovative Ansatzpunkte für zukünftige Studien zur Immunantwort oder Metastasierung von Tumorgewebe.

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„Paper of the Month“ April 2019 geht an Dr. Christoph Kittl aus der Unfall-, Hand- und Wiederherstellungschirurgie

Für den Monat April 2019 wurde Dr. Christoph Kittl aus der Klinik für Unfall-, Hand- und Wiederherstellungschirurgie für die Publikation: Dynamic Restraints of the Medial Side of the Knee: The Semimembranosus Corner Revisited in der Zeitschrift American Journal of Sports Medicine 47(4), 2019: 863-69 [Volltext] ausgezeichnet.

 

Die statischen medialen Strukturen des Kniegelenks sind gut erforscht und hemmen dort die Valgusaufklappbarkeit. Im Gegensatz dazu sind die aktiven Stabilisatoren der medialen Seite des Kniegelenks, wie der Semimembranosus-Muskel, nur unzureichend untersucht. Deswegen war das Ziel der Studie mittels 6-Achs-Roboter die passiven und aktiven Stabilisatoren der medialen Seite des Kniegelenks genauer zu beleuchten.

Das mediale Kollateralband (Innenband) war der Hauptstabilisator der Außenrotation und der anteromedialen Rotation. Die posteromedialen Sturkturen hingegen hemmten die Innenrotation des Kniegelenks. Ähnlich dem Innenband hemmte der Semimembranosus-Muskel die Außenrotation und die anteromediale Rotation des Kniegelenks. Dies nahm mit dem Flexionsgrad des Kniegelenks und mit der Abwesenheit der passiven Stabilisatoren zu.

Die Studie zeigte, dass der Semimembranosus-Muskel einen wichtigen Beitrag zur Hemmung der Außenrotation und anteromedialen Rotation beiträgt. Bei einer distale Avulsion dieses Muskels sollte von einer schweren Verletzung der medialen Seite des Kniegelenks ausgegangen und eine Refixation in Erwägung gezogen werden.

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„Paper of the Month“ März 2019 geht an Prof. Dr. Frank Rosenbauer aus dem Institut für Molekulare Tumorbiologie

Für den Monat März 2019 wurde Prof. Dr. Frank Rosenbauer aus dem Institut für Molekulare Tumorbiologie für die Publikation: Safeguard function of PU.1 shapes the inflammatory epigenome of neutrophils in der Zeitschrift Nature Immunology. Epub ahead of print;  published online 25 März 2019 [Volltext] ausgezeichnet.

Neutrophile sind Killerzellen, die eindringende Pathogene rasch eliminieren. Allerdings sind sie von Natur aus unselektiv und können das körpereigene Gewebe nachhaltig schädigen. Um dem vorzubeugen ist es wichtig, dass eine exorbitante Entzündungsreaktion der Neutrophile vermieden wird. Interessanterweise war bis vor kurzem jedoch nicht bekannt, ob Neutrophile einen intrinsischen Rückkopplungsmechanismus besitzen, um ihre Aktivität abzuschwächen.

In der Studie wurde ein solcher Mechanismus identifiziert. Es wurden Mäuse erzeugt, denen der Transkriptionsfaktor PU.1 spezifisch in Neutrophilen fehlt und diese mit der Hefe Candia albicans infiziert. Die Experimente haben gezeigt, dass PU.1 eine doppelte Funktion in der Entzündungsreaktion von Neutrophilen ausübt: Während PU.1 die Neutrophilen zur Zerstörung von Krankheitserreger befähigt, indem es die Expression von Enzymen stimuliert, die für die Herstellung reaktiver Sauerstoffspezies benötigt werden, hemmt PU.1 die Expression etlicher Immungene, die an Aktivierung, Migration und Sekretion antimikrobieller Peptide und Zytokine beteiligt sind. Wir haben gezeigt, dass PU.1 diese Gene kontrolliert, indem es die Chromatinstruktur an cis-Enhancern beeinflusst.

Durch diesen epigenetischen Mechanismus stellt PU.1 sicher, dass die Entzündungsreaktion von Neutrophilen angemessen verläuft. Somit hilft PU.1, Schäden an körpereigenem Gewebe zu minimieren. Diese Ergebnisse könnten wichtig sein, um gegen Neutrophile gerichtete Therapien in die Behandlung bestimmter immunologischer Erkrankungen einzubeziehen.

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Foto: MFM/Christian Albiker

Forschungsergebnisse reproduzieren: DFG-Förderung für Wissenschaftler der Universität Münster

Um Forschungsergebnisse reproduzierbar zu machen fördert die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) ab April dieses Jahres ein gemeinsames Projekt des Instituts für Geoinformatik der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster (WWU) und der Universitäts- und Landesbibliothek Münster (ULB):

„Die Ziele des Projekts „Opening Reproducible Research“ (o2r) sind es, Forschungsergebnisse besser reproduzierbar und die wissenschaftliche Arbeit transparenter zu machen. Hierzu entwickeln die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler eine Plattform, die alle notwendigen Elemente einer wissenschaftlichen Studie, also den Text, die Daten und die Analysen, miteinander verbindet. Das ermöglicht eine interaktive Darstellung der Studie. Die DFG fördert das Projekt mit rund 500.000 Euro für zweieinhalb Jahre. (…) Die o2r-Plattform, an deren Entwicklung er und seine Kollegen arbeiten, soll allen Interessierten die Möglichkeit geben, den Artikel nicht nur zu lesen, sondern auch direkt selbst mit den Forschungsdaten und der zugrunde liegenden Software zu arbeiten.

Darüber hinaus binden die WWU-Geoinformatiker mit ihren Kollegen aus der Universitäts- und Landesbibliothek den o2r-Ansatz für reproduzierbare Artikel an die Open-Source-Software „Open Journal Systems“ an. Die Software bietet ein Redaktions- und Publikationssystem für Open-Access-Zeitschriften, die dem wissenschaftlichen Begutachtungsverfahren unterliegen. Alle veröffentlichten Inhalte sind kostenlos und frei im Internet zugänglich, was zu einer größeren Verfügbarkeit und Transparenz von Forschungsergebnissen beiträgt. Die Verknüpfung mit „Open Journal Systems“ wird wie jede Software, die im Rahmen von o2r entwickelt wird, auch als Open-Source-Software veröffentlicht.“

Grafik © Daniel Nüst, basierend auf F. Dottori et al./Nat. Hazards Earth Syst. Sc

„Paper of the Month“ Januar 2019 geht an PD Dr. Stefan Orwat aus der Klinik für Kardiologie III

Für den Monat Januar 2019 wurde PD Dr. Stefan Orwat aus der Klinik für Kardiologie III für die Publikation: Utility of machine learning algorithms in assessing patients with a systemic right ventricle in der Zeitschrift European Heart Journal – Cardiovascular Imaging. Epub ahead of print;  Published online 9.Januar 2019 [Abstract]  ausgezeichnet.

Künstliche-Intelligenz-(KI)-Systeme stoßen derzeit auf ein breites Interesse im Bereich der kardiovaskulären Bildgebung. Trotz des beträchtlichen Potenzials gab es bislang aber keine Untersuchungen zu ihnen im Bereich der angeborenen Herzfehler.

Erstmals konnte der Nutzen neuartiger Deep‐Learning-(DL)‐Algorithmen bei der Diagnostik von erwachsenen Patienten mit einem angeborenen Herzfehler nachgewiesen werden. Dazu wurden 132 Patienten untersucht. Der speziell für die Ultraschallanalyse des Herzens trainierte DL‐Algorithmus erzielte mit 98 Prozent eine leicht höhere Gesamtgenauigkeit bei der Erkennung der korrekten Diagnose als die Testgruppe der spezialisierten Mediziner. Dazu wurden die Bilddaten von Patienten mit einer Transposition der großen Arterien nach einer Vorhofumkehr‐OP (atriale Switch‐Operation nach Mustard oder Senning) sowie von Patienten mit einer angeborenen korrigierten Transposition (ccTGA), bei der auch die Herzkammern seitenverkehrt angeordnet sind, und von herzgesunden Menschen herangezogen.

Die Studie illustriert das Potenzial von Algorithmen des maschinellen Lernens, die auf routinemäßigen echokardiographischen Datensätzen trainiert wurden, um die zugrunde liegende Diagnose bei komplexen angeborenen Herzerkrankungen automatisch zu erkennen. Ziel ist es nun, diese Ergebnisse in innovative Praxislösungen zu überführen.

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Der Paper of the Month – Aufsteller in der Zweigbibliothek Medizin bietet den Besuchern die Lektüre der Studie vor Ort an.

Foto: MFM/Christian Albiker