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Digitale Sammlung zur Medizingeschichte online

Der Informationsdienst Wissenschaft (idw), das Nachrichtenportal für Aktuelles aus Wissenschaft und Forschung, berichtet in einer Pressemitteilung (Neue Digitale Sammlung zur Medizingeschichte online), dass die Deutsche Zentralbibliothek für Medizin (ZB MED) in Köln eine neue Digitale Sammlung zur Medizingeschichte veröffentlicht hat. Die Sammlung enthält sowohl medizinhistorische Werke als auch weitere Quellen, die für die Geschichte der Medizin von Bedeutung sind.

Für die neue Digitale Sammlung hat ZB MED beispielsweise den von Paul Albrecht Börner (1829-1885) begründeten „Reichs-Medizinal-Kalender“ veröffentlicht – ein wichtiges, auch biographisches Nachschlagewerk. Insgesamt hat die ZB MED bisher zwölf Sammlungen mit über 4.000 Titeln digitalisiert und online gestellt. Damit sind sie weltweit frei verfügbar, können stichwortartig durchsucht und heruntergeladen werden.

Die digitale Sammlung Medizingeschichte finden Sie hier. Dort wird auch auf die bedeutende Sammlung von Abbildungen zur Medizingeschichte (online) der National Library of Medicine der Vereinigten Staaten verwiesen.

Logo © ZB MED

 

PubMed Journals: Suchen und finden biomedizinischer Literatur

Das National Center for Biotechnology Information (NCBI) ist eine Unterorganisation der United States National Library of Medicine (NLM), die wiederum eine Unterorganisation des National Institutes of Health (NIH) ist.

Das NCBI bietet überwiegend Zugang zu medizinischen und molekularbiologischen Datenbanken an, stellt u.a. aber auch die Datenbank PubMed mit Inhaltsangaben wissenschaftlicher Literatur zur Verfügung.

Desweiteren bietet NCBI mit PubMed Journals ein Tool an, mit dem man sich über aktuelle biomedizinische Literatur auf dem Laufenden halten kann.

PubMed Journals ermöglicht:

  • Zeitschriften schnell zu finden und jenen von Interesse zu folgen,
  • neue Artikel favorisierter Zeitschriften zu durchsuchen, und
  • mittels eines Journal News Feed sich über neueste Artikel auf dem Laufenden zu halten.

So geht‘s:

  • Besuchen Sie PubMed Journals, um eine Liste der beliebtesten Zeitschriften zu sehen.
  • Klicken Sie auf einen Zeitschriftentitel, um den aktuellsten Inhalt und den News-Feed zu durchsuchen.
  • Klicken Sie auf die Schaltfläche „Follow“, um die Zeitschrift Ihrer persönlichen Zeitschriftenliste hinzuzufügen.

Um einer Zeitschrift zu folgen, ist es erforderlich mit (s)einem NCBI-Konto angemeldet zu sein.

 

Abb.: screenshot

Über 10 Mio. Volltext-Artikel in PubMed

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Mit Stand heute gibt es nun mehr als 10.154.087 Volltexte in PubMed. Von den insgesamt 24,7 Mio. Datensätzen sind damit nun 41% als PDF oder HTML zugreifbar. 4,85 Mio sind (als Open Access) frei zugänglich, die restlichen 5,30 Mio. PubMed-Artikel hat die ZB Med für die Universität Münster lizenziert.

Achtung!
Insgesamt stehen über die ZB Med mehr als die obigen 10.154.087 Mio. Artikel zur Verfügung. Sie finden aber nicht alle von uns lizenzierten Artikel in PubMed, da lediglich Volltexte von speziellen Verlagen dort angezeigt werden. Die restlichen Volltexte finden Sie nur über die Homepages der einzelnen Zeitschriften über die Zeitschriftensuche der EZB. (Wenn man davon ausgeht, dass diese ca. 15% der über PubMed verzeichneten Volltexte ausmachen, stehen Ihnen nun mehr als 11,7 Mio. Zeitschriftenartikel im Volltext zur Verfügung.)

Deutscher MeSH: kostenfreier Download

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Der MeSH (Medical Subject Headings) ist ein polyhierarchischer, konzeptbasierter Thesaurus (Schlagwortregister), welcher zum Katalogisieren von Buch- und Medienbeständen, zum Indexieren von Datenbanken und zum Erstellen von Suchprofilen genutzt wird.

Das DIMDI (Deutsches Institut für Medizinische Dokumentation und Information) meldet nun erstmals die kostenlose Downloadmöglichkeit der deutschsprachigen Übersetzung dieses im Original von der NLM (US Library of National Medicine) herausgegebenen englischsprachigen Thesaurus.

In der aktuellen Version 2015 des MeSH ist die Anzahl der enthaltenen Deskriptoren wie folgt:

    27.455 deutsche Main Headings (Hauptschlagwörter, Vorzugsbezeichnung)
    27.455 englische Main Headings
    61.927 deutsche Entry Terms (Synonyme)
    202.866 englische Entry Terms

MeSH 2015: kostenfreier Download der deutschsprachigen Übersetzung
MeSH 2015: kostenfreier Download der englischen Originalfassung der NLM

Informationen der NLM zum MeSH

40% aller PubMed-Artikel sind im Volltext zugänglich

Mit Stand heute gibt es nun mehr als 9.300.000 Volltexte in PubMed. Von den insgesamt 23,28 Mio. Datensätzen sind damit nun genau 40% als PDF oder HTML zugreifbar. 4,15 Mio sind (als Open Access) frei zugänglich, die restlichen 5,15 Mio. PubMed-Artikel hat die ZB Med für die Universität Münster lizenziert.

Achtung!
Insgesamt stehen über die ZB Med mehr als die obigen 9,3 Mio. Artikel zur Verfügung. Sie finden aber nicht alle von uns lizenzierten Artikel in PubMed, da lediglich Volltexte von speziellen Verlagen dort angezeigt werden. Die restlichen Volltexte finden Sie nur über die Homepages der einzelnen Zeitschriften über die Zeitschriftensuche der EZB. Wenn man davon ausgeht, dass diese ca. 15% der über PubMed verzeichneten Volltexte ausmachen, stehen Ihnen nun mehr als 10,7 Mio. Zeitschriftenartikel im Volltext zur Verfügung.

Mehr als 10.000.000 medizinische Artikel

Mit Stand heute morgen gibt es nun mehr als 9.000.000 Volltexte in PubMed. Von den insgesamt 22,8 Mio. Datensätzen sind damit nun 37% als PDF oder HTML zugreifbar. 4 Mio sind (als Open Access) frei zugänglich, die restlichen 5 Mio. PubMed-Artikel hat die ZB Med für die Universität Münster lizenziert.

Achtung! Insgesamt stehen über die ZB Med mehr als die obigen 5 Mio. Artikel zur Verfügung. Sie finden aber nicht alle von uns lizenzierten Artikel in PubMed, da lediglich Volltexte von speziellen Verlagen dort angezeigt werden. Die restlichen Volltexte finden Sie nur über die Homepages der einzelnen Zeitschriften über die Zeitschriftensuche der EZB. Wenn man davon ausgeht, dass diese ca. 10-20% der über PubMed verzeichneten Volltexte ausmachen, stehen Ihnen nun mehr als 10 Mio. Zeitschriftenartikel im Volltext zur Verfügung.

PubMed-Limits can be tricky

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Ein Artikel in den Annals of Internal Medicine wies kürzlich auf Limitations of the MEDLINE Database in Constructing Meta-analyses hin. Die niederländischen Ärzte der Cochrane Childhood Cancer Group, Edith Leclercq, Bianca Kramer und Winnie Schats, beschäftigten sich insbesondere mit den MeSH-Begriffen und den PubMed Limits.

Search limits in PubMed zu benutzen, kann tricky sein, weil die meisten Limits auf MeSH_Begriffen beruhen. Aber nicht alle PubMed-Zitate sind mit MeSH-Begriffen indexiert. Neue PubMed-Zitate werden vom Verlag geliefert und besitzen noch keine MeSH-Headings. Außerdem gibt es zahlreiche OLDMEDLINE-Zitate, die erst nachträglich mit (wenigen und dann meist krankheitsrelevanten) MeSH-Begriffen versehen wurden. Wenn „Limits“ benutzt werden, können Ihnen diese Zitate durch die Lappen gehen. Die einzigen Suchlimitierungen, die verläßlich benutzt werden können, sind Datum und Sprache.

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Übrigens, die National Library of Medicine begeht dieses Jahr ihren 175. Geburtstag. JAMA schrieb zu diesem Anlaß:

Today, at the 175th anniversary of the NLM, the library’s free access system PubMed processes nearly 1 billion online searches per year from users looking for medical and health information in more than 20 million articles published in more than 5300 journals. On the day in 1997 that the library’s database of abstracts and articles became freely available to anyone with an Internet connection, Vice President Al Gore declared that PubMed “may do more to reform and improve the quality of health care in the United States than anything
we have done in a long time.”

„PubReminer“: Die Daten von PubMed im Detail auswerten

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Mein kanadischer Kollege Dean Giustini hat in seinem The Search Principle blog eine interessante Zusammenfassung von PubMed-Derivaten erstellt mit dem Titel: Data-mining of MEDLINE – “PubReminer”, die ich im Folgenden für Sie übersetzt habe.

PubReMiner ist eines von vielen (siehe unten) Front-End-Data-Mining-Werkzeugen, die eine statistische Analyse der Ergebnisse von PubMed-Recherchen erlaubt. Als ein einfaches, textbasiertes Tool zum Erstellen von Suchanfragen wertet PubReMiner (PRM) die Informationen aus den PubMed-Resultaten aus und zeigt die Ergebnisse in Form von Häufigkeitstabellen an – nach Zeitschrift, Autoren oder Stichwörtern geordnet.

Neben dem Erstellen von Suchanfragen ist PRM hilfreich bei:

  • der Auswahl von Zeitschriften, die ähnliche Forschung veröffentlichen wie die bereits gefundenen
  • Ausfindigmachen von Experten, durch Erstellung einer „Top-Autoren“-Liste ausgehend vom Suchergebnis
  • Bestimmen der Forschungsinteressen der gefundenen Autoren
  • Die relevanten MeSH-Begriffe für eine ganze Reihe von Artikeln in PubMed herausfinden

Wie liest man die Häufigkeitstabellen von PRM? Nachdem PubReMiner PubMed mit Ihren Suchbegriffen abgefragt, alle Abstracts abgerufen und daraus Häufigkeitstabellen erzeugt hat, werden drei Tabellen erstellt:

  1. Zeitschriften, in denen Arbeiten zu Ihrer Fragestellung veröffentlicht wurden
  2. Die aktivsten Autoren im Bereich des Suchergebnisses
  3. Wörter, die am häufigsten in Titel und Abstract der gefundenen Artikel vorkommen

Darüber hinaus werden die MeSH des Artikels und das Erscheinungsjahr angezeigt, und Ihre Anfrage kann mit weiteren Feldern verfeinert werden. Wenn Sie Ihre Suche solcherart optimiert haben, wechseln Sie zu PubMed und lassen diese erneut ausführen.

Weitere Data-Mining Tools für PubMed:

 

Literatur:

20 Mio. Artikel: PubMed geht nun zurück bis 1947

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Als die ursprüngliche Datenbank – damals noch unter dem Namen MEDLINE (Index MEDicus onLINE) – im Jahr 1971 debütierte, enthielt es ausschließlich Zitate auf Zeitschriftenartikel nach 1966. Zwanzig Jahre später, in den 90er, begann der Hersteller – die National Library of Medicine – jedoch mit der retrospektiven Erfassung älterer Zeitschriftenliteratur; so konnten z.B. mehr als 307.000 Zitierungen aus den Jahren 1964 und 1965 auf einen Schlag vom Kölner DIMDI übernommen werden (die NLM selber hatte diese Zitate längst gelöscht). PubMed bewegt sich seitdem stetig rückwärts in der Zeit.

Mit der jüngsten Ergänzung von 60.000 Artikelzitaten aus dem Jahre 1947 enthält PubMed nun mehr als 20 Millionen Records aus 63 Jahren Indizierung biomedizinischer Fachliteratur.

Die NLM kommentiert dieses erneuten Meilenstein stolz:

Harry Truman was President, gas cost 15 cents a gallon, the transistor was invented, and internationally renowned surgeon Dr. Michael DeBakey was publishing articles on the US Army’s World War II experience with battle injuries, military surgery, and the use of streptomycin therapy. Citations to these and more than 60,000 other articles indexed in the 1947 Current List of Medical Literature (CLML) are now available in the National Library of Medicine® (NLM®) MEDLINE®/PubMed database.

PubMed: Umfangreiche Suchergebnisse per E-Mail versenden

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Foto: photocase

Das NLM Technical Bulletin beschreibt in seiner Ausgabe Jan-Feb 2010 über Easy E-mailing of Large Search Results Restored in PubMed:

Dieses Feature erlaubt die Zusendung von umfangreichen Suchergebnissen in mehreren, kleinen E-Mails. Sie wollen z.B. die Ergebnisse einer Suche mit 246 Datensätzen einem Kollegen schicken. Da die maximale Anzahl von Datensätzen, die per Email verschickt werden können, 200 beträgt, müssen zwei Emails auf den Weg gebracht werden. Schicken Sie die erste E-Mail mit Maximalzahl von 200 und stellen Sie bei der zweiten E-Mail die Zahl 201 als Startzahl in der Zitat-Box des „Send to“-Feldes ein.

Zusätzliche Hinweise im Textfeld helfen dem Empfänger die E-Mails richtig zuzuordnen. Ihre PubMed Suchresultate werden von einem Mailserver des NCBI mit der Absebnderadresse „nobody@ncbi.nlm.nih.gov“ mit dem Subject „PubMed Search Results“ verschickt.