Archiv der Kategorie: PubMed

PubMed: Umfangreiche Suchergebnisse per E-Mail versenden

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Foto: photocase

Das NLM Technical Bulletin beschreibt in seiner Ausgabe Jan-Feb 2010 über Easy E-mailing of Large Search Results Restored in PubMed:

Dieses Feature erlaubt die Zusendung von umfangreichen Suchergebnissen in mehreren, kleinen E-Mails. Sie wollen z.B. die Ergebnisse einer Suche mit 246 Datensätzen einem Kollegen schicken. Da die maximale Anzahl von Datensätzen, die per Email verschickt werden können, 200 beträgt, müssen zwei Emails auf den Weg gebracht werden. Schicken Sie die erste E-Mail mit Maximalzahl von 200 und stellen Sie bei der zweiten E-Mail die Zahl 201 als Startzahl in der Zitat-Box des „Send to“-Feldes ein.

Zusätzliche Hinweise im Textfeld helfen dem Empfänger die E-Mails richtig zuzuordnen. Ihre PubMed Suchresultate werden von einem Mailserver des NCBI mit der Absebnderadresse „nobody@ncbi.nlm.nih.gov“ mit dem Subject „PubMed Search Results“ verschickt.

PubMed mit neuem Interface

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Wie Sie vielleicht schon gemerkt haben, hat die National Library of Medicine, Dept. National Center of Biotechnology Information (NCBI), die Suchoberfläche von PubMed überarbeitet und ihr seit Ende Okt. 2009 ein neues Design verliehen. Hier einige der Neuerungen:

  • Die bisherigen Reiter (Limits, Preview/Index, History, Clipboard, Details) sind abgeschafft worden. Diese Funktionen wurden in die „Advanced Search“ integriert.
  • Auch die Anzeigeformate (Display formats) sind überarbeitet und auf 7 reduziert worden. Möchten Sie jetzt das Anzeigeformat der Treffer verändern, nutzen Sie bitte das neue Menü „Display Settings“ (links oberhalb der „Results“=Treffer). Im Anzeigeformat „Abstract“ werden Ihnen bereits im Rahmen der Trefferliste auch die jeweiligen Links zum Volltext mit angezeigt. Sie befinden sich direkt unterhalb der einzelnen Treffer.
  • Mit Hilfe des „Send to“ Menüs (rechts von den „Display Settings“) können markierte Treffer u.a. im „Clipboard“ abgelegt, in den MyNCBI-Collections abgespeichert oder auch als Mail verschickt werden.
  • Unter „Filter your results“ (ganz rechts) bekommen Sie angezeigt:
    • bei wieviel Treffern es sich um „Reviews“, „Clinical Trails“ oder „Full Texts“ handelt
    • wieviel deutschsprachige Treffer ermittelt wurden
    • wieviel Treffer mit einem Link zum Volltext (Button „Volltext bereitgestellt durch zb med münster“, für den Bereich der Universität Münster gültig) versehen worden sind

Bitte beachten Sie, dass möglicherweise auch Artikel, obwohl sie nicht mit dem entsprechenden Button versehen sind, doch im Uninetz online zugänglich sind bzw. die entsprechende Zeitschrift in Bibliotheken der Universität Münster als Druckausgabe vorliegt. Hier finden Sie weitere Informationen über die neue Suchoberfläche von PubMed.

EndNoteWeb + ResearcherID + Web of Science

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Dank der Nordrhein-Westfälischen Konsortiallizenz zur Datenbank Web of Science ist es allen Angehörigen der Universität Münster möglich, die Literaturverwaltung EndNoteWeb kostenfrei zu nutzen (Online-Tutorial). Sie müssen sich dazu lediglich einmal registrieren und können dann Suchergebnisse von Web of Science in Ihre persönliche EndNoteWeb-Library exportieren. Dort können Sie die Literaturstellen dann komfortabel organisieren, Bibliographien erstellen, in Ihre Arbeiten einbetten („Cite While You Write“) und Literatur von einer Vielzahl weiterer Datenbanken (u.a. PubMed, siehe unten) durchsuchen und importieren. Ihre EndNoteWeb-Library können Sie in gängigen Datenbankformaten exportieren und mit anderen Literaturverwaltungsprogrammen weiterverarbeiten oder mit anderen Forschern gemeinsam bearbeiten. Die „EndNoteWeb-Toolbar für Firefox“ speichert Onlinereferenzen direkt in Ihrer EndNoteWeb-Library ab.

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Mit dieser Registrierung sollte es prinzipiell möglich sein, in den drei obigen Datenbanken EndNoteWeb, Web of Science, ResearcherID hin und her zu navigieren.

Im Gegensatz zu der von der Universität Münster lizenzierten Literaturverwaltung Refworks hat EndNoteWeb jedoch einige Nachteile:

  • Der Zugang ist nur innerhalb des Hochschulnetzes möglich (RefWorks kann von jedem Computer weltweit benutzt werden)
  • Es ist langsamer und hat weniger Möglichkeiten (RefWorks bietet den Funktionsumfang einer hochwertigen Literaturverwaltung)
  • Es speichert keine Volltexte
  • Es erlaubt das Teilen der Bibliothek nur mit anderen EndNoteWeb-Nutzern (RefWorks erlaubt das Teilen mit Jedermann)

Deutsches Ärzteblatt International nun in MEDLINE

Das Deutsche Ärzteblatt International, ein Ableger des Deutschen Ärzteblatts wird nun von Medline indexiert und steht auf PubMedCentral zur Verfügung:

As of 2009, the articles of Deutsches Ärzteblatt International (DAI) will be indexed in NLM’s MEDLINE database. The journal is also listed in Carelit, CINAHL, Compendex, DOAJ, EMBASE, EMNursing, GEOBASE, HINARI, Index Copernicus, Medpilot, PsycINFO, and Scopus. [via Deutsches Aerzteblatt international: Homepage]

Das DAI stellt ausgewählte Artikel des Deutschen Ärzteblatts auf Englisch zur Verfügung. Es wird ab 2008 in PubMedCentral archiviert. Es gibt keine Embargoperiode, aber „For technical reasons, the English full text will be published approximately two weeks after the German print edition has been published.“

Journals Recently Accepted by NLM for Inclusion in MEDLINE

Das Literature Selection Technical Review Committee der National Library of Medicine der USA hat wieder getagt und 46 neue Zeitschriftentitel in Medline, den Olymp der medizinischen Literaturdatenbankwesens, befördert. Spätestens mit Heft Nr.1, 2009, werden Zeitschriften mit illustren Namen von African journal of psychiatry über American journal of men’s health und Anais brasileiros de dermatologia bis zu Targeted oncology und Zoo biology von Medline neu indexiert, d.h. demnächst in PubMed zu finden sein. Neben je einer Zeitschrift in portugiesisch, spanisch und türkisch Titeln sind alle übrigen 43 Titel in Englisch. Deutschsprachige Journale waren bei dieser Runde nicht dabei.

Weitere Informationen über die Indexierungspraxis der NLM finden Sie in unserem WissensWiki-Artikel PubMedZeitschriftenAuswahl.

PubMed: Suche nach Alternativmethoden zu Tierversuchen

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Die wegen ihres innovativen PubMed-Interface GoPubmed (PDF) bekannte Dresdener Firma Transinsight bietet nun mit der Unterstützung von BASF die Datenbank (besser ‚Interface‘) „Go3R“ an. Diese verfügt über einen intelligenten Filter für Alternativmethoden zu Tierversuchen. Sie müssen also bei jeder Suche immer auf die oberste Kategorie „3R Relevance Filters (Beta)“ klicken, um zu diesen „alternativen“ Papern zu kommen. Diese sind zusätzlich durch ein Go3R-Siegel gekennzeichnet (siehe rechts). Darüber hinaus werden – wie aus GoPubMed bekannt – die Suchergebnisse nach Wissensgebieten kategorisiert, in denen man komfortabel weiter herumstöbern kann (die dann aber nichts mehr mit Alternativmethoden zu tun haben).

  1. Bei Recherchen denken Sie auch bitte an die frei verfügbare Datenbank der Zentralstelle zur Erfassung und Bewertung von Ersatz- und Ergänzungsmethoden zum Tierversuch (ZEBET) über Alternativen zu Tierversuchen AnimAlt-ZEBET, die beim DIMDI bzw. MedPilot aufliegt (weitere Infos).
  2. Lesen Sie auch bitte: Chilov et al.: Using MeSH to Search for Alternatives to the Use of Animals in Research (nur Universität Münster)
    • Trick 1: Replacement: Once the initial broad research topic/objective search is done, the Boolean operator “OR” can be used to create a single search set of all articles indexed with either the “Animals” or “Humans” MeSH terms. The Boolean operator “NOT” is then applied to the search in order to exclude these articles from the final results set of citations. As such, this final set of articles should hopefully include everything but animal or human experimentation with regard to this topic.
    • Trick 2: Create a search strategy using MeSH terms that actually describe the possible non-animal methods themselves. This strategy can include, for example, the MeSH terms “Computer Simulation,” “Cadaver,” “Aborted Fetus,” etc. Exploring the MeSH hierarchy is a good way to compile terminology for other possible alternative models/methods. For example, the MeSH terms found under the broader heading “Models, Theoretical” could be utilized if these are deemed to be applicable to a protocol
    • Substituting animal with “lower” organisms (less-sentient species). If non-animal replacements are not available, substituting animals with phylogenically “lower” organisms is also an option. Such a search can be achieved, for example, in the above-mentioned case study, by exploding
      the MeSH term “Animals” and then excluding from that results set all. of the articles indexed with the MeSH term “Mammals”. This example assumes that non-mammal subjects would be reasonable alternatives for this research protocol. In another case, for example, if the researcher was experimenting on primates, a “lower” organism substitute could be one from the rodentia order. Alternatively, if the researcher is already aware of potential “lower” organism candidates for substitution, these can be searched upon directly using the MeSH terms that describe them and then combined together in one search set using the Boolean operator “OR.” For example, the researcher may wish to consider “Guinea Pigs” or “Rabbits” as possible substitutes.

„iTunes für PubMed“

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Picture by gPapers

Folgende Anwendungen helfen, eigene oder aus Datenbanken wie z.B. PubMed heruntergeladene PDFs zu speichern, zu archivieren und zu organisieren. Sie werden deshalb auch als „next-generation academic reference manage systems“ oder „iTunes für PDFs“ bezeichnet. Teilweise ist es noch nicht einmal nötig, die Angaben zum Artikel (Autor, Titel, Journal) selber einzugeben oder von PubMed herunterzuladen, sondern sie werden automatisch aus dem Verlags-PDF extrahiert (z.B. PubMedPDF). Lesen Sie dazu auch die aktuelle Nature News: Programs promise to end PDF paper-chase. Mit „Single ware“ sind Anwendungen für den individuellen Nutzer gemeint, mit „Group ware“ Anwendungen, die den Austausch/Empfehlung von PDFs erlauben.

Anwendungen für PDF-Management

Ohne PubMed-Support Mit PubMed-Support
Single ware
Group ware

Werde diese Liste von Zeit zu Zeit aktualisieren. [Thanks to TechCrunch | David Rothman: here, here and here]

8 Millionen Volltexte in PubMed

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Mit heutigem Datum stehen Ihnen mehr als 8 Mio. Volltextartikel in PubMed zur Verfügung – genau 8.001.567. Von diesen Artikeln stehen 2,35 Mio. frei als Open Access oder Embargo-Zeitschrift zur Verfügung, 5,65 Mio. wurden von der Zweigbibliothek Medizin lizenziert (als Universitäts- oder National-Lizenz). Insgesamt entspricht die Zahl der Volltexte ca. 45% aller PubMed-Zitate.

Zusätzlich sind hundertausende weitere Volltext-Artikel von der Bibliothek lizenziert, aber aus folgenden Gründen nicht in PubMed nachgewiesen:

  • Die Zeitschrift wird nicht von PubMed indexiert (deutschsprachige oder ältere als 1950)
  • Die Zeitschrift liefert PubMed keine Volltext-Links
  • Die Volltext-Links in PubMed zeigen auf eine nicht lizenzierte Version der Zeitschrift (NEJM)

Denken Sie also immer daran, dass Sie sich nicht nur auf den orangen Volltext-Button in PubMed verlassen können, sondern zusätzlich noch unser Zeitschriftenverzeichnis konsultieren!

Neu: Faculty of 1000 Biology

Der Test der beiden Rezensionsdatenbanken Faculty of 1000 Biology und Faculty of 1000 Medicine führte nun zu der Abonnierung der ersteren Datenbank. Faculty of 1000 Biology ist älter, größer und wird häufiger genutzt als die entsprechende Datenbank für die Medizin.

Mehr als 2.000 Wissenschaftler rezensieren Zeitschriftenartikel ihres Forschungsgebietes für diese Datenbank: „by scientists for scientists“. Außer der Beschreibung des Wertes eines Artikels für das Forschungsgebiet wird er anhand einer Punktescala als „recommended“, „must read“ oder „exceptional“ gewertet und erhält zusätzliche Etiketten, wie „hypothesis“, „controversial findings“ u.ä. Artikel aus kleineren oder fachfremden Zeitschriften werden besonders gekennzeichnet. Bei künftigen Recherchen in Pubmed wird immer dann ein Logo in der Vollansicht eingeblended, wenn ein Artikel in Faculty of 1000 Biology rezensiert wurde. [Meldung der ULB]

Umlaute in PubMed

In PubMed können nuch auch Umlaute dargestellt und gesucht werden, wie das Technical Bulletin meldet. Es ist also möglich, nach einem Forscher „Müller“ zu suchen. Wundern sie sich aber nicht, wenn sowohl Autoren namens Müller als auch Muller gefunden werden, denn PubMed übersetzt den Autorennamen im Hintergrund in „Muller“ und sucht auch danach.

Cave! Suchen Sie zusätzlich auch nach „Mueller“, denn die Umsetzung von Umlauten beim Autor, Verlag oder PubMed kann auch diese Schreibweise umfassen.