Internationale Netzwerke sind für Universitäten von zentraler Bedeutung, zum Beispiel, wenn es um die Positionierung in der Forschungslandschaft geht oder um die Beschaffung von Fördermitteln auf europäischer Ebene. Gleichzeitig sind transnationale Forschungskooperationen ein wichtiger Beitrag zur Verbesserung der eigenen Forschungsqualität.
Die Universität Münster ist Teil des europäischen Hochschulverbundes „Ulysseus“. Der Verbund aus acht Partnerhochschulen hat sich zum Ziel gesetzt, die Hochschulen der Zukunft zu entwickeln, europäische Werte und Identität zu fördern und die Qualität und Wettbewerbsfähigkeit europäischer Hochschulen zu verbessern.
Mit der Gründung des Centrum Europa im Dezember 2015 engagiert sich die Universität Münster aktiv in Brüssel, um die international arbeitenden Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern der Universität Münster bei der Positionierung in der EU-Förderlandschaft zu unterstützen. Das Centrum Europa verfolgt als Ziele die Bündelung, Unterstützung, Begründung und Anregung aller europabezogenen Aktivitäten der Universität Münster.
Derzeit gibt es über 20 Kooperationen der Universität Münster mit brasilianischen Hochschulen. 2012 wurde ein Brasilien Zentrum gegründet, eine Art Brückenkopf für jedwede Brasilien-Aktivität nicht nur der Universität Münster, sondern auch anderer Hochschulen und Wissenschaftseinrichtungen.
Was der einen Universität fehlt, hat die andere zu bieten: Grundlagenforschung trifft auf anwendungsorientierte Forschung, gemeinsame Studiengänge erweitern Horizonte und außerordentliche Professuren ermöglichen den wissenschaftlichen Austausch. Die Universitäten Münster und Twente (NL) nutzen ihre komplementären Stärken und schaffen Synergien. Auf diese Weise verdichtet sich ihre Partnerschaft fortlaufend und ermöglicht dadurch eine enge, fruchtbare Zusammenarbeit mit Vorteilen für beide Seiten.
Die Universität Münster ist Mitglied bei der "China NRW University Alliance". Diese Allianz wurde 2006 gegründet. Ziel ist die strategische Vernetzung von deutsch-chinesischen Kooperationsaktivitäten.
Die Türkisch-Deutsche Universität Istanbul ist eine staatliche, wissenschaftliche Einrichtung. Ein Hochschulkonsortium, an dem auch die Uni Münster beteiligt ist, unterstützt deren Aufbau. Ziel ist es, den akademischen Betrieb, Lehre und Forschung sowie die Vermittlung der deutschen Sprache zu unterstützen.